Madagascar ha designado cinco sitios de gran tamaño como Humedales de Importancia Internacional. El país ya cuenta con 15 sitios, que protegen más de 1,5 millones de hectáreas de hábitats críticos para la biodiversidad única de la isla. Estas últimas designaciones se han logrado con el apoyo de WWF Madagascar.
Los sitios albergan ecosistemas únicos y extraordinariamente ricos que tienen una gran importancia económica, social y cultural en sus respectivas regiones.
Barrière de Corail Nosy Ve Androka (sitio núm. 2285) es un complejo de ocho zonas a lo largo del litoral meridional de Madagascar. Contiene una red de arrecifes de coral y hábitats marinos, tales como bajíos y arrecifes de coral en aguas profundas, además de playas. Alberga unas 140 especies de corales, 240 especies de peces, moluscos, equinodermos y fanerógamas marinas. Allí también habitan especies poco comunes como el celacanto (Latimeria chalumnae), que está en peligro crítico, y cinco especies de tortugas marinas.
Site Bioculturel d’Antrema (sitio núm. 2286) se encuentra en el litoral noroccidental de Madagascar y está formado principalmente por lagos permanentes y temporales, ríos, estuarios y zonas intermareales así como hábitats de manglar. El complejo de humedales y bosques alberga 220 especies vegetales autóctonas de Madagascar. También hay cinco especies endémicas de lémures, 18 especies de reptiles y tres especies de anfibios. Se ha documentado la presencia de 70 especies de aves, incluidas 23 especies de aves acuáticas, tres de las cuales están en peligro (Ardeola idae, Threskiornis bernieri y Ardea humbloti).
El complejo de humedales de Bemanevika (Complexe des Zones Humides de Bemanevika, sitio núm. 2287) se encuentra en la región de Sofia, en el noroeste de Madagascar. Está compuesto por bloques y fragmentos de bosque lluvioso tropical denso de montaña, praderas, marismas y pantanos, lagos y ríos. El sitio contiene un complejo de ecosistemas y proporciona un hábitat de refugio para la supervivencia y reproducción de muchas especies endémicas y en peligro. Los ecosistemas lacustres y pantanosos de Bemanevika mantienen los regímenes hidrológicos de la zona y regulan el microclima.
Los humedales de Sahamalaza (Zones Humides de Sahamalaza, sitio núm. 2288) están compuestos por varias áreas costeras y marinas en los estuarios de los ríos Maetsamalaza, Berondra y Manambaro, que separan la península de Sahamalaza y la costa de Maromandia. Contienen bosques en los que hay unas 220 especies vegetales, arrecifes de coral que abarcan unas 12.800 hectáreas, y unas 10.000 hectáreas de manglares que contienen ocho especies de mangle.
Los humedales de Ankarafantsika (Zones Humides Ankarafantsika (CLSA), sitio núm. 2289) abarcan 33.200 hectáreas en dos zonas distintas del Parque Nacional de Ankarafantsika. El sitio está formado por un complejo de seis lagos permanentes, ríos y pantanos de palma de rafia. Los lagos, algunos de los cuales se consideran sagrados, son un hábitat particularmente crucial para el galápago Erymnochelys madagascariensis, que está en peligro crítico.
