Madagascar ha designado cinco sitios de gran tamaño como Humedales de Importancia Internacional. El país ya cuenta con 15 sitios, que protegen más de 1,5 millones de hectáreas de hábitats críticos para la biodiversidad única de la isla. Estas últimas designaciones se han logrado con el apoyo de WWF Madagascar.
Los sitios albergan ecosistemas únicos y extraordinariamente ricos que tienen una gran importancia económica, social y cultural en sus respectivas regiones.
Barrière de Corail Nosy Ve Androka (sitio núm. 2285) es un complejo de ocho zonas a lo largo del litoral meridional de Madagascar. Contiene una red de arrecifes de coral y hábitats marinos, tales como bajíos y arrecifes de coral en aguas profundas, además de playas. Alberga unas 140 especies de corales, 240 especies de peces, moluscos, equinodermos y fanerógamas marinas. Allí también habitan especies poco comunes como el celacanto (Latimeria chalumnae), que está en peligro crítico, y cinco especies de tortugas marinas.
Site Bioculturel d’Antrema (sitio núm. 2286) se encuentra en el litoral noroccidental de Madagascar y está formado principalmente por lagos permanentes y temporales, ríos, estuarios y zonas intermareales así como hábitats de manglar. El complejo de humedales y bosques alberga 220 especies vegetales autóctonas de Madagascar. También hay cinco especies endémicas de lémures, 18 especies de reptiles y tres especies de anfibios. Se ha documentado la presencia de 70 especies de aves, incluidas 23 especies de aves acuáticas, tres de las cuales están en peligro (Ardeola idae, Threskiornis bernieri y Ardea humbloti).